Metoda endoskopowa to metoda stosowana przez lekarzy w wielu ośrodkach w Polsce. Metoda ta nie jest dedykowana dla każdego. Wykonuje się ją w przypadku kraniostenozy izolowanej, czyli zrośnięcia pojedynczych szwów oraz u dzieci, u których wcześnie wykryto tę wadę. Ważnym kryterium jest właśnie wiek dziecka, gdyż do 3 miesiąca życia kości czaszki są na tyle miękkie, że neurochirurdzy są w stanie przy pomocy endoskopu sobie z nimi poradzić (uwaga – czasem lekarze podają granicę wieku do 6 miesięcy, ale podczas zabiegu mimo, że maluch mieści się w granicy do pół roku, może okazać się, że kości są zbyt twarde i niestety metoda ta nie będzie możliwa).
Zaletami tej metody jest na pewno efekt estetyczny – mniejsza blizna, mniejsze obciążenie dla organizmu malucha z uwagi na fakt, iż zazwyczaj jedna operacja wystarcza do zażegnania wady. Metoda ta polega na wspomaganym endoskopem rozcinaniu i ograniczonym wyjmowanie kości na przecięciu skostniałych szwów czaszkowych. 
Do minusów tej metody możemy dopisać ryzyko ponownego szybkiego zrośnięcia się kości czaszki bez widocznej korekcji w jej wyglądzie oraz fakt, iż nie jesteśmy w stanie do końca kontrolować szybkości wzrostu kości i co za tym idzie kształtowania się czaszki. Zdarza się bowiem, że w miejscu wyciętego szwu oraz wykonanych wcięciach w kościach czaszki z jednej strony dojdzie do szybszego zrostu a po przeciwnej stronie, rosnące mózgowie nie pozwoli na jednoczasowe, symetryczne zarastanie. Wówczas staje się widoczna nowa deformacja głowy i dysproporcja miedzy wielkością i wyglądem prawej a lewej półkuli czaszki. Wtedy, żeby przywrócić prawidłowy kształt czeka nas reoperacja metodą klasyczną. Ponadto, obowiązkowym dodatkiem do tej metody powinna być terapia kaskowa (w Polsce niestety nierefundowana), wspomagająca uzyskanie prawidłowego efektu wizualnego i stymulująca prawidłowe kształtowanie się kości czaszki z zewnątrz.
